Weibliche Bachmuscheln haben Bruttaschen (Marsupium) in ihren Kiemen, in denen sich jedes Frühjahr bis zu 200.000 Eier entwickeln. Geben die männlichen Bachmuscheln ihre Spermien in das Wasser ab, werden diese von den Weibchen mit der Atmung aufgenommen und die Befruchtung findet statt. Für eine erfolgreiche Befruchtung ist eine gewisse Bevölkerungsdichte der Muscheln notwendig, doch unter guten Umständen ist auch mehr als eine Brut pro Muschel pro Jahr möglich. Ist die Bevölkerungsdichte allerdings zu gering, sind beide Geschlechter zu weit voneinander entfernt und die Befruchtung bleibt aus.

Nach vier bis sechs Wochen schlüpfen die Muschellarven (Glochidien) und werden vom Muttertier abgesondert. Im Wasser müssen sie sich innerhalb von drei Tagen eine Mitschwimmgelegenheit bei bei ihren sogenannten Wirtfischarten, darunter Groppe, Elritze, Döbel und Dreistacheliger Stichling, suchen. Sollte eine passende Begegnung ausbleiben, sterben die Glochidien ab.

Bei ihrem Wirtsfisch quartieren sich die Glochidien im Gewebe der Kiemen und Flossen ein und entwickeln sich weiter zu Jungmuscheln – je nach Wassertemperatur kann dies zehn bis 35 Tage dauern. Die Fische selbst tragen keinen Schaden davon. Nach diesem Stadium setzen sich die Jungmuscheln von ihren Wirtstieren ab und vergraben sich im Gewässergrund. Bei guten Bedingungen (lückiges Substrat, hoher Sauerstoff- und niedriger Nährstoffgehalt) erreichen sie nach zwei bis vier Jahren die Geschlechtsreife. Jedoch sind sie während dieser Entwicklungsphase auch besonders vulnerabel gegenüber schlechten Bedingungen, und überleben bei zu hohem Nährstoffgehalt des Wassers oder schlammiger Flusssohle nicht.

Sedimenteintrag: Von landwirtschaftlich genutzten Flächen landen Feinsedimente direkt in angrenzenden Gewässern. Dort lagern sie sich in das lückige Substrat der Flosssohle und blockieren eine ausreichende Sauerstoffversorgung der Jungmuscheln.

Nährstoffeintrag: Bachmuscheln sind sehr nährstoffsensibel. Sind die Nitrat- und Nitrit-Werte im Wasser zu hoch, stellen die erwachsenen Muscheln die Fortpflanzung ein. Bei Jungmuscheln ist der Effekt noch drastischer – in dieser vulnerablen Entwicklungsphase gehen sie bei hohen Nitrat- und Nitrit-Werten ein.

Gewässerausbau: Hierzu zählen die Begradigung von Fließgewässer sowie der Verbau von Querbauwerken wie Schleusen und Wehren. Durch begradigte Flussläufe gehen viele Aspekte von natürlichen Gewässerläufen verloren, doch bezogen auf Bachmuscheln sind folgende besonders zu nennen: Durch das Fehlen von Kurven wird loses Material wie Sand und Kies stetig mitgetragen und kann sich nirgends festsetzen. Das stellt besonders für die erwachsenen Bachmuscheln ein Problem dar, da sie „auf festem Fuß“ stehen müssen. Querbauwerke ohne Fischtreppen beeinflussen passiv das Leben der Bachmuscheln, da sie für die Wirtsfische eine unüberwindbare Barriere darstellen und diese so nicht im Gewässerverlauf wandern können.

Fischerei: Ohne passende Wirtsfische im richtigen Alter können sich Bachmuscheln nicht erfolgreich fortpflanzen und verbreiten. Fehlen die Wirtsfische, hört der Fortpflanzungszyklus der Muscheln im Larvalstadium auf. Elritze, Groppe und Döbel sind die einheimischen Wirtsfische in Brandenburg, doch auch hier ist die Population aufgrund einer generellen Verschlechterung des Lebensraums und der fehlenden ökologischen Durchgängigkeit in den letzten Jahrzehnten kleiner geworden. Auch das Alter der Wirtsfische spielt eine Rolle, denn ältere Fische sind resistenter gegen eine Glochidien-Infektion, bei Jungfischen gelingt das eher. Zwar werden Gewässer für die Hobbyfischerei mit Fischen besetzt, doch handelt es sich dabei häufig um als Wirtsfisch unpassende Arten (z.B. Forelle) oder Fische unpassenden Alters.

Gewässerunterhaltung: Gewässer werden je nach Nutzung unterschiedlich unterhalten. Probleme stellen sich für die Bachmuschel ein, wenn Strukturen wie Totholz entnommen werden. Wichtige Strömungen und daraus entstehende Lebensräume verschwinden dadurch im Fluss. Ebenso kann die Mahd der Wasserpflanzen eine Gefährdung verursachen, wenn Muscheln samt Pflanzen aus dem Wasser geräumt werden. Ein zu starkes Aufkommen von Wasserpflanzen beeinflusst auch die Strömung negativ. Deswegen stellt eine Mahd eine kurzfristige Maßnahme zur Verbesserung des Lebensraums Fluss dar. Langfristigere Maßnahmen, wie das Pflanzen von Bäumen und Sträuchern zur Beschattung sowie zur Reduzierung von Nährstoff- und Sedimenteinträgen sind im Rahmen dieses Projekts vorgesehen.

Neozoen/Prädatoren: Invasive Arten wie Bisam dezimieren die bereits kleinen Bachmuschelpopulationen vor allem im Winter, wenn es wenig andere Nahrungsalternativen gibt.