Eine detaillierte Beschreibung zum FFH-Gebiet gibt der FFH-MP-Entwurf (LUGV, Stand Sept. 2015), der als Grundlage für die nachfolgenden Ausführungen herangezogen wurde.

Das FFH-Gebiet "Melzower Forst" umfasst einen Ausschnitt der nordostdeutschen Jungmoränenlandschaft, der Teil der Gersdorfer Staffel ist und naturräumlich dem Uckermärkischen Hügelland zuzuordnen ist. In dem großflächigen, stark relieffierten Waldgebiet sind zahlreiche Kleinseen, Kleingewässer und Moore eingebettet. Nur an den Gebietsrändern befinden sich größere landwirtschaftliche Nutzflächen.

Administrativ ist der Melzower Forst den Gemeinden Oberuckersee, Gramzow und Flieth-Stegelitz des Landkreises Uckermark zugehörig. Im Norden grenzt die Ortschaft Blankenburg und im Süden Wilmersdorf an.

Die Naturerbeflächen (NNE) umfassen insgesamt 80,0437 Hektar. Mehrere zusammenhängende NNE-Flurstücke befinden sich im südöstlichen Bereich des FFH-Gebiets und reichen z.T. in die Kernzone "Fauler Ort" des NSG „Melzower Forst“ hinein. Sie beinhalten den Aalgastsee, westlich an den See angrenzende Landröhrichte und sich nach Norden anschließende feuchte und frische Grünlandbiotope sowie östlich angrenzende Moor-, Bruch- und Auenwälder.

Die meisten, ebenfalls aneinander grenzenden NNE-Flächen konzentrieren sich im östlichen Bereich des FFH-Gebiets, etwa auf der Höhe der Ortschaft Polßen. Sie umfassen verschiedene Wald- und Forstbiotope sowie darin eingestreute Kleingewässer und Moore. Der Polßen-Meichower Graben, der den Polßenbruch und den daran angrenzenden Restsee in Richtung Polßen entwässert, gehört nicht zur NNE-Kulisse, befindet sich aber im Stiftungseigentum. Darüber hinaus befindet sich ein isoliertes NNE-Flurstück südlich des Großen Braunsees, das mit Kiefernforst und einer Grünlandbrache ausgestattet ist.

Gewässer und Moore:

Eine Besonderheit im Gebiet ist der Aalgastsee durch seinen Quellseecharakter. Er wird durch Hang- und Quellmoore aus dem östlich und nordöstlich angrenzenden Faulen Ort sowie durch Grundwasserzustrom gespeist. Ein natürlicher, aber z.T. umgeleiteter Ablauf entwässert den See in Richtung Oberuckersee. Ursprünglich war das 2,4 Hektar große, aber nur 2,6 Meter tiefe Gewässer ein mesotropher Hartwassersee, inzwischen ist er polytroph. Armleuchteralgen kommen im Gewässer (LRT 3140) aktuell nicht mehr vor. An Wasserpflanzen wurden bei der letzten Biotopkartierung in 2009 neben Röhrichtarten ausschließlich Teichrosen (Nuphar lutea) erfasst. Eutrophierungsursachen sind zum einen die ehemals intensive Ackernutzung im Einzugsgebiet und künstliche Zuflüsse im Süden und Westen des Aalgastsees, die angrenzende und südlich gelegene Feuchtbiotope in den See entwässern. Zum anderen hat der frühere Besatz mit Karpfen und Graskarpfen (vgl. Mauersberger & Mauersberger 1996) interne Eutrophierungsprozesse gefördert. Während die Landwirtschaft im Einzugsgebiet seit mehreren Jahren auf extensive Acker- bzw. Grünlandnutzung umgestellt wurde, bestehen die künstlichen Entwässerungen nach wie vor. Insgesamt befindet sich der See derzeit in einem schlechten Erhaltungszustand . 

Die Gewässer im Osten des Melzower Forstes haben Wasserflächen von unter 0,1 Hektar bis zu 1,8 Hektar Größe. Einige dieser Biotope sind als perennierende andere als temporäre Kleingewässer ausgebildet. Nur wenige von ihnen sind mit einer artenreichen Makrophytenflora ausgestattet. Im artenreichsten Kleingewässer kommen typische Wasserpflanzen wie Froschbiss (Hyrocharis morsus-ranae), Wasserfeder (Hottonia palustris), Wasserlinse (Lemna minor), Krebsschere (Stratiotes aloides) und Seerose (Nymphaea alba) vor. Einige der Gewässer wurden dem LRT 3150 zugeordnet.

In Nachbarschaft der Kleingewässer befindet sich ein Birken-Moorgehölz in einem Moorkessel. Es weist im Zentrum einen geschlossenen Torfmoosrasen mit typischer Vegetation der Sauer-Zwischenmoore (z.B. Sphagnum-Arten, Agrostis canina, Carex rostrata, Eriophorum angustifolium) auf. Der Deckungsgrad aufkommender Moorbirken (Betula pubescens) und Weidengebüsche (Salix spec.) beträgt 20-25%. Trotz deutlicher Entwässerungs- und Eutrophierungserscheinungen, besonders im Randbereich, wurde der Erhaltungszustand des Moores (LRT 7140) während der letzten Biotopkartierung 2009-2012 noch als gut eingeschätzt. Ein Großteil der Kleingewässer und das Moor sind durch Binnengräben miteinander verbunden. Dadurch wird Wasser aus höhergelegenen Gewässern und dem Moor in tiefergelegene Gewässer abgeleitet.

In den letzten zwei Dekaden sind die Wasserflächen stark geschrumpft und die Wasserspiegel um bis zu 2 m gefallen. Darüber hinaus wird das Gebiet über das Polßenbruch entwässert. Auch eine Melioration über den östlich angrenzenden Acker wird vermutet.

Wälder und Forste:

Bei den Waldausläufern im südlichen Teilgebiet, nahe des Faulen Ortes, handelt es sich um Schaumkraut-Eschenwald, quelligen Schwarzerlenwald und Erlenbruchwald. Davon sind einige dem LRT 91E0 zugeordnet. Besonders die an das Grünland angrenzenden Waldbiotope weisen Entwässerungserscheinungen auf, was mit einer Grabenumgehung/ Verlegung des Aalgastseeablaufs zusammenfällt. 

Etwa die Hälfte der Waldflächen im östlichen Teilgebiet sind als naturnahe Buchenwaldlebensräume (LRT 9110, LRT 9130) ausgebildet oder könnten in absehbarer Zeit zu ihnen entwickelt werden. Bei den übrigen Biotopen handelt es sich um Forste die mit Fichten, Lärche, Douglasie, Kiefer, Eschen, Ahorn, Eichen oder Linden bestockt sind.

Im Polßenbruch haben sich ein Erlen-Moorgehölz und Weidengebüsche entwickelt, die nach Süden in einen schmalen Erlen-Eschenwald übergehen. Eine Entwässerung erfolgt über den Polßen-Meichower Graben. Die insgesamt 80,0437 Hektar Naturerbeflächen im Gebiet "Melzower Forst" werden von weiteren Flächen der Stiftung Naturschutzfonds Brandenburg ergänzt (Gesamtgröße 86,2513 Hektar).

Die NNE-Flächen befinden sich vollständig im Biosphärenreservat Schorfheide-Chorin sowie im gleichnamigen LSG und SPA-Gebiet. Zudem sind die Flächen Teil des NSG "Melzower Forst" sowie des gleichnamigen FFH-Gebiets. Geschützt nach § 30 BNatSchG sind alle vorkommenden Gewässerbiotope, Moor- und Bruchwaldbiotope, Buchenwaldbiotope sowie das Birken-Moorgehölz im Sauer-Zwischenmoor. Ein Großteil dieser Biotope ist zugleich Lebensraumtyp nach FFH-RL.

Die großräumige Wald- und Seenlandschaft beherbergt darüber hinaus eine außerordentlich große Fülle an Tierarten die nach BArtSchV und z.T. auch nach FFH-RL geschützt sind. Im Bereich der NNE-Flächen wurden z.B. Moorfrosch, Rotbauchunke und Kammmolch nachgewiesen. Bauchige und Schmale Windelschnecke leben in Seggenröhrichtbeständen am Aalgastsee.

Zahlreiche Fledermausarten (z.B. Breitflügelfledermaus, Mückenfledermaus) nutzen die NNE-Flächen als Jagdhabitat und Wochenstube. Eine Besonderheit ist zudem der Siebenschläfer, der flächig im Melzower Forst anzutreffen ist. Auch jüngere Elch-, Wolfs- und Wildkatzennachweise gibt es aus diesem Gebiet. Typische vorkommende Waldvogelarten sind z.B. Schwarzspecht und Zwergschnäpper.

Derzeit wird ein FFH-Managementplan für das FFH-Gebiet "Melzower Forst" erstellt, der im Entwurf vorliegt.

• Erhalt und Entwicklung von Übergangs- und Schwingrasenmooren (LRT 7140)
        
• Erhalt und Entwicklung der Seenlebensraumtypen (LRT 3140, LRT 3150) und der Kleingewässer
   
• Wiederherstellung/Verbesserung des Binneneinzugsgebietscharakters und der natürlichen Wasserstandsdynamik von Gewässern und Mooren durch Rückbau, Verschluss oder Anstau von Entwässerungsgräben und durch Waldumbau im Einzugsgebiet
         
• Verbesserung des Erhaltungszustands des Aalgastsees nach Möglichkeit durch die Reduzierung nährstoffreicher Zuflüsse und durch Regulierung der Fischfauna (Entnahme von benthivoren Weißfischen)
        
• Sofern eine Nutzungseinstellung nicht realisiert werden kann, ist die Fischerei nur in Form eines naturschutzorientierten fischereilichen Managements mit der Zielsetzung der Entwicklung autochthoner Fischbestände in diesem Gewässer auszuüben. Fischereiliche Nutzung ausschließlich extensiv, ohne Zu- und Anfüttern, und Elektrofischerei (außer zu Forschungszwecken). Ein Fischbesatz mit gebietsheimischen Fischen ist im Ausnahmefall nur möglich, wenn die naturnahe Artenvielfalt eines heimischen Fischbestandes entsprechend der Größe und Beschaffenheit des Gewässers gefährdet ist. Fanggräte oder Fangmittel sind so einzusetzen oder auszustatten, dass ein Einschwimmen oder eine Gefährdung von streng oder besonders geschützten bzw. gefährdeten Arten (z.B. Fischotter, Biber und tauchende Vogelarten) weitestgehend ausgeschlossen
            
• Erhalt und Entwicklung von Hainsimsen- und Waldmeisterbuchenwald (LRT 9110, LRT 9130), Auenwäldern (LRT 91E0) sowie von Moor- und Bruchwäldern durch Entnahme von standortfremden Arten (z.B. Fichte, Douglasie) mit dem Ziel der zeitnahen Nutzungsaufgabe
           
• Waldumbau von Nadelforsten (Fichte, Lärche, Douglasie, Kiefer) und Förderung der Naturverjüngung standortheimischer Baumarten. Die Naturerbeflächen werden nach Umwandlung in naturnahe Waldgesellschaften mit Baumarten der potenziell natürlichen Vegetation nach Möglichkeit als Naturentwicklungsgebiet sich selbst überlassen
  
  
• Extensivierung des Intensivgraslandes sowie Erhalt von extensiv genutztem Dauergrünland durch Mahd oder Beweidung
         
• Erhalt und Entwicklung des Gebietes als Lebens- und Rückzugsraum sowie potenzielles Wiederausbreitungszentrum wild lebender Tierarten